Kryptosporidios har rapporterats hos en mängd olika arter av reptiler. Denna sjukdom verkar vara vanlig i både vilda och fångna reptilpopulationer, och överföring sker via fekal-oral väg. Infekterade reptiler kanske inte uttrycker symtom utan är sporadiska utsöndrare av oocystor (ägg). Kliniska tecken på Crypto-infektion inkluderar uppstötningar och viktminskning åtföljd av en onormal ökning av slemhinnorna i magen.
Att diagnostisera kryptosporidios kan vara utmanande. En diagnostisk metod är identifiering av oocystor i ett fekalt prov med hjälp av syrafast färgning. En negativ syrafast fläck indikerar bara att reptilen inte fällde vid provtagningstillfället och betyder inte att djuret är kryptofritt. Standardpraxis är att testa tre gånger innan man antar att djuret är sjukdomsfritt. Endoskopi, inklusive magsköljning och biopsi, kan också användas för att identifiera denna sjukdom.
De vanligaste arterna av kryptosporidios som finns hos reptiler är C. serpentis, C. muris och C. parvum. Det har föreslagits att C. parvum ocystor (baserat på möss) troligen var från gnagare som intagits av reptilerna och inte en verklig Crypto-infektion. Denna möjlighet att infektera reptiler med C. parvum kan endast helt uteslutas genom ytterligare noggranna biologiska och genetiska studier.
I mars 1999 startade Saint Louis Zoo ett program för diagnostik och dödshjälp efter identifieringen av kroniska Cryptosporidium i ormar i dess lokaler. För att övervaka effektiviteten av kontrollåtgärder samlades ormprover in periodiskt under en period av ett år. Kort efter starten av kontrollåtgärden var 5 av 10 och 8 av 17 ormprover positiva för Crypto i maj respektive juni 1999. Därefter var endast 1 av 45 ormprover som samlats in under fem olika tidsperioder positivt för kryptosporidios.
För närvarande finns det inga effektiva kontrollstrategier mot Cryptosporidium hos reptiler. I en småskalig studie visades det att ormar med kliniskt och subkliniskt Cryptosporidium effektivt kan behandlas (inte botas) med hyperimmun bovin råmjölk uppvuxen mot C. parvum. Rigorös hygien och karantän för infekterade och exponerade djur är obligatoriska för kontroll av Cryptosporidios, men de flesta väljer dödshjälp av infekterade djur. Den bästa metoden för att förhindra att Crypto sprids är att avliva infekterade reptiler.
Kryptocystor neutraliseras endast genom exponering för fuktig värme mellan 113° och 140°F i 5 till 9 minuter och desinfektion med ammoniak (5%) eller saltlösning (10%) i 18 timmar. Ineffektiva desinfektionsmedel innefattade idoforer (1%-4%), kresylsyra (2,5% och 5%), natriumhypoklorit (3%), bensalkoniumklorid (5% och 10%) och natriumhydroxid (0,02 m). Allt som kan ha varit i kontakt med en infekterad reptil bör rengöras noggrant med en ammoniaklösning och få torka i minst 3 dagar.